Сотруднику, который работает в одной и той же организации и основным сотрудником, и совместителем, предоставьте ежегодный отпуск по двум основаниям. Дело в том, что ежегодный отпуск предоставляется всем сотрудникам, с которыми организация заключила трудовой договор (ч. 1 ст. 11 ТК РФ). А совместителям отпуск предоставляют на тех же основаниях, что и основным сотрудникам (ч. 2 ст. 287 ТК РФ).
При этом совместителям ежегодный отпуск нужно предоставить одновременно с отпуском по основному месту работы (ч. 1 ст. 286 ТК РФ). Поэтому фактически продолжительность отпуска внутреннего совместителя будет равна продолжительности одного ежегодного основного отпуска (как правило, 28 календарных дней).
Отпускные начислите за каждый из отпусков (ч. 2 ст. 287 ТК РФ).

Справочник «Зарплата - 2011»